Rückzug und Neuausrichtung
Mit Beginn der 1990er-Jahre wandte sich Stephan Schmidheiny vermehrt auch dem gesellschaftlichen Diskurs und der Philanthropie zu. Nachdem er 1990 zur Vorbereitung der UNO-Konferenz über Umwelt und Entwicklung als „Hauptberater für Wirtschaft und Industrie“ ernannte wurde, beschäftigte er sich vertieft mit Fragen der ökologischen und sozialen Nachhaltigkeit. Er publizierte mehrere internationale Bestseller zum Thema und wirkte mit dem von ihm gegründeten World Business Council for Sustainable Development als Impulsgeber für Politik und Wirtschaft. Zudem rief er mit Fundes, der Avina Stiftung, der Fundación Avina und dem Viva Trust vier einzigartige gemeinnützige Organisationen ins Leben.
Sein wegweisendes Wirken im Bereich der Öko-Effizienz wurde von verschiedenen Universitäten mit einem Ehrendoktor gewürdigt. So verliehen ihm die INCAE Business School in Costa Rica, die US-amerikanische Yale University, das US-amerikanische Rollins College und die venezolanische Universidad Católica Andrés Bello die Ehrendoktorwürde.
Nach dem frühen Tod seines Bruders Alexander begann Stephan Schmidheiny ab 1995, dessen Kunstsammlung aktiv zu gestalten. Der Schwerpunkt der heutigen „Daros“-Sammlung liegt bei der nordamerikanischen und europäischen Kunst der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts; sie gilt als einer der bedeutendsten weltweit. Seit 2010 werden Werke aus der Daros Collection in der permanenten Sammlung der Fondation Beyeler in Riehen BS, Schweiz, gezeigt.
2001 entschied sich Stephan Schmidheiny, sich sukzessive aus allen Funktionen und der Öffentlichkeit zurückzuziehen. Dies gab er 2002 auch öffentlich bekannt. Ab diesem Zeitpunkt erfolgte die Regelung seines Erbes.